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高台县黑河湿地国家级自然保护区总面积2.95万公顷（44.2万亩）,占张掖市国家级自然保护区总面积的71.57%,其中：核心区1.06万公顷、缓冲区为1.05万公顷、实验区0.84万公顷。保护区以黑河为主体,沿岸有大小水库14座,水域、沼泽、滩涂星罗棋布,湿地类型多样,湿地资源丰富。

保护区内列入国家重点保护野生动物名录的种类有17种,占保护区内脊椎动物的12%,其中一级保护种类有黑鹳、遗鸥、金雕和白尾海雕3种,二级保护种类有鹗、大天鹅、小天鹅、白琵鹭和灰鹤5种,列入《中日保护候鸟及栖息环境协定》鸟类名录的候鸟有38种。保护区地处我国候鸟三大迁徙途径西部路线的中段地带,是多种珍稀濒危鸟类迁徙途中的停留栖息地和中转站,每年有几十万只候鸟从这里迁徙。