纳木错湖的北面是高原丘陵,海拔约5000米~5500米，地势较平缓,其南面和东面是冈底斯山和念青唐古拉山的谷地，海拔高度约4000米~4300米，自南向北逐渐增长，念青唐古拉山脉高约5500米~6000米以上，其主峰高达7000多米，形成了一天然屏障，所以尽管纳木错湖水面海拔高，但由于念青唐古拉山脉以东的阻隔而成为内流湖。 

纳木错湖中有3个较大的小岛，这些岛很少受到外界的干扰，故栖息的鸟类繁多，人称鸟岛。西北部的朗多岛是湖中最大的岛屿，其东西长2千米，海拔为4854米。