九寨沟为典型的喀斯特地貌，整个九寨沟流域的岩石几乎全由石灰岩构成，厚达数千米，由于强烈的新构造活动在岩石中产生了大量裂隙和断裂，增大了岩石的透水性；同时流域内有较充沛的降水，高原边缘的差异性抬升形成了巨大的地形反差，有利于岩溶水的循环运动，使喀斯特作用能持续进行。

        湖底有大量钙化物堆积，湖水对太阳光又散射、反射和吸收的作用。而九寨沟的湖水呈现艳丽的蓝绿色，说明湖水中短波长的散射远大于长波长，这就是瑞利散射，我们看到的五彩池是九寨沟湖泊中的精粹，上半部呈碧蓝色，下半部则呈橙红色，湖里生长着水绵、轮藻、小蕨等水生植物群落，还生长着芦苇、节节草、水灯芯等草本植物。这些水生群落所含叶绿素深浅不同，在富含碳酸钙质的湖水里，能呈现不同的颜色